Am 4. April 1460 fand im Münster zu Basel die feierliche Eröffnung der Universität statt. Caspar Bauhin war der erste Professor Ordinarius, der 1589 zum Inhaber des Lehrstuhls für Anatomie (und Botanik) ernannt wurde; es wurde eine "Theatrum anatomicum" und ein "Hortus medicus" eingerichtet.

Aus dem 16. Jahrhundert wird von einzelnen "Anatomien" berichtet, dabei handelte es sich vor allem aber um Zergliederungen, die nicht öffentlich waren sondern vornehmlich der Weiterbildung von Ärzten und Chirurgen dienten.

Die Anwesenheit von Andreas Vesal in Basel im Jahre 1543 war ein äusserst wichtiger Markstein für die Entwicklung des Anatomischen Instituts. Vesal war nach Basel gekommen, um den Druck seines epochalen Werkes "De humani corporis fabrica, Libri septem" zu überwachen.

Am 12. Mai 1543 führte er während mehrerer Tage die öffentliche Anatomie eines Hingerichteten durch (dessen Skelett bis heute als das älteste beglaubigte Anatomiepräparat der Welt ein Kernstück des Anatomischen Museums darstellt). In der Folgezeit wird von weiteren Leichenzergliederungen berichtet, die unter der Aufsicht von Medizinprofessoren durchgeführt wurden.

Bis heute haben insgesamt 36 ordentliche Professoren als Vorsteher des Anatomischen Instituts Basel gewirkt. Die Reihenfolge ist in der nachstehenden Tabelle angegeben.